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为了促进液体活检研究的数据分析,QIAGEN公司近日推出了RNA-seq Explorer Solution。这是一种新的工具,整合了Ingenuity® Pathway Analysis™、Biomedical Genomics Workbench®及其他QIAGEN生物信息学方案,有助于改善癌症的检测、诊断和治疗。
也许你正在用Apple Pay,但是你大概还不知道,液体活检(Liquid biopsy)与Apple Pay一样是2015年度的十大突破技术。这是一种非侵入性的方法,可以利用体液(如血液),在癌症等疾病的早期检测和分析疾病,带来更好的预后和治疗。
为了促进液体活检研究的数据分析,QIAGEN公司近日推出了RNA-seq Explorer Solution。这是一种新的工具,整合了Ingenuity® Pathway Analysis™、Biomedical Genomics Workbench®及其他QIAGEN生物信息学方案,有助于改善癌症的检测、诊断和治疗。
RNA-seq Explorer Solution促进了生物标志物的发现和验证,让研究人员能从FASTQ格式的原始数据中获得重要线索,从而追踪癌症的遗传驱动因素。这个方案利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA),基于后台高度结构化的Ingenuity Knowledge Base实现表达数据的分析、整合和理解。它还整合了Biomedical Genomics Workbench,为NGS实验结果的比对、标准化和统计分析提供了全面的分析流程。
“RNA-seq Explorer Solution带来了强大的生物信息学工具,适用于液体活检样本RNA测序数据的分析和解释,包括肿瘤来源的exosomes。液体活检的新一代测序是检测和鉴定癌症最有前途的方式之一,但是需要高度准确的工具来理解带有噪音的数据,”QIAGEN生物信息学部门的高级副总裁Laura Furmanski谈道。
液体活检的分析对象有好几种,包括循环肿瘤细胞(CTCs),从肿瘤上脱落的活细胞;循环肿瘤DNA(ctDNA),来自死细胞的遗传物质;以及外泌体(exosomes),在体液中循环的微囊泡。
对于这些样本的分析,QIAGEN都提供了相应的产品。例如,QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit可从人类血浆或血清中浓缩和纯化游离DNA和RNA,用于特异性的肿瘤检测。同时,QIAGEN的单细胞全基因组/全转录组扩增方案可让你轻松跨过样本量低的限制,帮你深度解析CTCs内隐藏的信息。
此外,QIAGEN也推出了一种基于离心柱的简便方法来分离细胞外囊泡,并提取出其中的RNA。有了exoEasy Maxi Kit,25分钟即可完成exosomes的分离。exoRNeasy Midi和Maxi试剂盒在此基础上,分离出样本中的RNA,用于后续的RNA-Seq分析